南京化糞池清理公司的主要業務有：化糞池清理、污水池清理、隔油池清理、沉淀池清理、河道清淤、清理清運等。

南京化糞池清理公司多年來承擔著城區及其周邊地區眾多賓館飯店、寫字樓、機關、學校、物業公司等單位的化糞池、隔油池、污水井清掏、抽運，人工掏挖化糞池、隔油池、污水井（清井底）污水的清運工作。