現行物流成本管理存在許多問題，計算方法上沒有切實掌握物流成本，尤其是沒有切實掌握公司內部的物流費用。企業內部對于物流成本不甚了解，對于物流成本是什么也十分模糊。弄不清物流成本與制造成本，物流成本與促銷費用的關系。物流成本中混有物流部門根本無法控制的成本。企業不同，物流成本的計算標準也不同，企業內部計算物流成本的標準時常改變，每一年度都變動的企業較多。另外，計算物流成本的目的也存在很多問題，比如計算物流成本的目的不明確，有的只是單純地想了解物流費用，還沒有達到利用物流成本的階段，有的物流負責部門花費很大精力計算物流成本，但也只是計算一下物流成本多少而已�？偟膩碚f，物流成本管理還沒有超出財務會計的范圍。分析降低現行物流成本方面存在的問題主要有以下幾點:第一，物流部門向高層管理人員報告的物流成本，只不過是“冰山一角”。而沒有向他們生產、銷售部門提供有關物流成本的確切的有價值的資料。降低物流成本只是靠物流部門去解決，而沒有與生產和銷售部門共同研究解決。第二，大多企業沒有建立起多批次、小批量物流系統，只是企圖在過去物流系統的基礎上降低物流成本，沒有注意到機構之間的壁壘，如支店之間的壁壘已成為降低成本的障礙，有的即使注意到了，也沒有認真解決。第三，沒有正規的負責物流會計的專門人員和機構，有的公司把降低物流成本的工作完全委之他人(物流專業人員或銷售、生產部門)，而且各個企業計算物流成本的范圍本不相同，可是有的企業卻偏偏要做對比，并因此時喜時憂。
針對當前物流成本管理存在的問題，大多物流公司由于實行多批次、小批量配送和適時配送，也由于收貨單位過多和過高的服務要求物流服務水平越來越高，導致運費上升;又由于商品品種增多，壽命縮短，必然出現庫存增加，或時多時少，由此導致庫存費用上升;由于缺乏勞動力導致人頭費用增多;由于地價上漲導致物流中心投資費用增加;由于道路擁擠導致運輸效率下降。凡此種種都在影響著物流成本。因此在這種情況下企業降低物流成本已成為當務之急。為降低物流成本，首先必須了解物流的實際情況，然后對物流系統進行分析，發現問題加以改進，最后建立起一個可行的新的物流系統。
正確計算物流成本是有效降低物流成本的基礎，目前的物流成本核算方式主要有按支付形態計算、按功能計算和按適用對象計算等三種。按支付形態計算是把物流成本分別按運費、保管費、包裝材料費、企業內部配送費、人事費、物流管理費、物流利息等支付形態記賬。從中可以了解物流成本總額，也可以了解什么經費項目花費最多。這對認識物流成本合理化的重要性以及考慮在物流成本管理上應以什么為重點，十分有效。按功能計算是指分別按包裝、配送、保管、搬運、信息、物流管理等功能計算物流費用。從這種方法可以看出哪種功能更耗費成本，比按形態計算成本的方法能更進一步找出實現物流合理化的癥結。而且可以計算出標準物流成本(單位個數、重量、容器的成本)，進行作業管理，設定合理化目標。按功能計算物流成本，可以從功能的角度掌握;按形態計算出來的物流成本，在將物流部門費用按不同的功能詳細劃分時，其分配基準比例由于行業和企業情況的不同而不同。因此根據本企業的實際情況找出分配基準是很重要的。還可以按單位(配送一件或挑選一個)計算功能物流成本。再就各個功能物流成本的構成比例或金額與上一年度進行比較，弄清增減原因，研究指定整改方案。按適用對象計算物流成本，可以分析出物流成本都用在哪一種對象上。如可以分別把商品、地區、顧客、或營業單位作為適用對象來進行計算。按支店或營業所計算物流成本，就是要算出各營業單位物流成本與銷售金額或毛收入的對比，用來了解各營業單位物流成本中存在的問題，以加強管理。按顧客計算物流成本的方法，又可分按標準單價計算和按實際單價計算兩種計算方式。按顧客計算物流成本，可用來作為選定顧客、確定物流服務水平等指定顧客戰略的參考。按商品計算物流成本是指通過把按功能計算出來的物流費用，用以各自不同的基準分配給各類商品的辦法計算物流成本。這種方法可以用來分析各類商品的盈虧，在實際應用時，要考慮進貨和出貨差額的毛收入與商品周轉率的影響。